Probablemente la flauta de pico tuvo su origen como instrumento artístico en el norte de Italia durante el siglo XIV, estando ya bien asentado a principios del siglo XVI. Existen algunas pruebas circunstanciales de esto: el primer método de flauta de pico, La Fontenagra de Ganassi, se publicó en Venecia en 1535. La mayoría de las flautas renacentistas que han sobrevivido pertenecieron a familias nobles del norte de Italia.

 

La flauta renacentista estaba diseñada para tocar en conjunto más que para hacerlo como solista. Durante esta época empieza a especificarse poco a poco para qué instrumentos está destinada cada una de las partes, por lo que empieza a desarrollarse el repertorio específico para flauta de pico. Por la década de 1620 ya es frecuente que se especifique la flauta de pico en el ámbito de una partitura instrumental.